朝鲜中宗时期，暗流涌动。医官徐长今谨小慎微，遵守医者本分，却因中宗李怿的酒醉失德意外怀上王嗣，被迫与同僚赵奉事假结婚以保全医官身份。与此同时，她的恋人闵政浩遭小尹派追杀坠崖，被流放的崔今英所救。为保护政浩，今英与生父赵景辉合谋制造其死亡假象，骗过政敌。 内医院中，心怀叵测的阿烈医女重获重用，她与文定王后、尹元衡勾结，对元子实施慢性毒害，并嫁祸大尹派领袖李光熹。长今凭借医者直觉发现元子病情异常，暗中展开调查，不惜亲身试毒，最终揭穿“药膳相克”的阴谋。 闵政浩在暗处配合，查出典医监贪腐及纵火案真相。当权者为灭口，再度布下杀局。危急关头，李钟原倒戈相救，今英为爱挡刀。多重证据之下，阿烈伏法，内医正疯癫，文定王后权力被削。 尘埃落定，中宗在爱意与制衡间，允长今继续行医。政浩与和离的今英各自找到归宿——他选择以灵魂伴侣身份守护长今，她则与洗心革面的李钟原开启新生。然君王暮年病重，长今冒险手术引发朝野争议，中宗临终前暗中安排其后路。宫墙内外，新的斗争已在酝酿，而长今与政浩超越名分的相守，成为这个时代最温柔的注脚。